如何最大限度地减少交联质谱中的误差

交联质谱 （XL-MS） 为具有里程碑意义的国际研究提供了动力——从人类核孔复合物的综合图谱到使用 DSSO 等 MS 可裂解连接子进行蛋白质组范围的细胞内分析，以及快速的 SARS-CoV-2 蛋白相互作用工作。 应用涵盖结构生物学和综合建模（冷冻电镜/核磁共振的约束）、天然相互作用组学、定量构象动力学 （QCLMS）、染色质/RNP 结构、生物制剂的表位和界面图谱，以及病毒学和药物发现中的作用机制研究。XL-MS通过捕获溶液甚至原位的距离约束来补充传统方法，从而实现系统级结构洞察。

（SARS-CoV-2 之间相互作用的分子机制

和宿主细胞和介入治疗 |信号转导和靶向治疗）

交联质谱 （XL-MS） 是绘制蛋白质-蛋白质相互作用图表的有效方法，但许多实验室仍在努力解决假阳性问题，这些假阳性模糊了真实生物学原理并缓慢了决策。在 Longlight Technology，我们从源头上解决问题——严格的化学反应、可重复的准备和透明的分析——因此您可以信任您构建的地图。

1） 为什么会发生误报 – 以及它们如何潜入

误报很少从软件阶段开始。他们从替补席开始。过度交联将蛋白质推入非生理配对。猝灭不足会留下反应性基团，这些基团在您处理样品时会不断连接。仓促或不一致的酶消化会产生伪装成真实交联的肽物种。添加复杂的矩阵和搜索空间气球，使边界光谱看起来令人信服。

日常现实增加了更多风险。准备的缓冲液稍微偏离。持续 5 分钟的淬火。一个不同的酶批次。这些失误本身似乎并不引人注目，但它们共同推动交联质谱法走向错误。结果是一个“看起来”丰富的数据集，但需要数小时的分类才能找到真正重要的内容。

尽管存在这些陷阱，XL-MS 仍具有您不想直言不讳的独特优势。化学交联与质谱相结合可在分析前稳定复合物，保留短暂或微弱的相互作用，并提供有关蛋白质排列和连通性的空间线索。它支持结构蛋白质组学，可以在细胞中进行，并且不需要特殊标记。目标不是减慢方法的速度，而是在不损失速度的情况下消除噪音。

✅ 我们看到的常见痛点

• 样品制备过程中形成的非特异联

• 被丰富肽埋藏的低丰度交联

• 产生伪影的消化不完全或不均匀

• 广泛的搜索与数据分析中的宽滤器相结合

这些问题可以通过系统视图而不是一步修复来解决。

2）长光‘减少误报的系统方法

我们的观点很简单： 将交联质谱视为一条连接链 – 化学、制备、检测和解释。我们围绕您的生物学问题和样品类型设计交联计划，然后保持条件严密、记录和可重复。

✅ 丰富 R缓解 S伊格纳尔 一个牛 N瓦兹

根据定义，交联肽很少见。我们强调消化后的选择性富集，以在仪器看到样品之前提高其比例。更干净的输入可减少模棱两可的识别并降低有效的错误发现率。效果是实用的：通过减少下游的人工救援，增强信心。

✅ 五 Habits Compound 变成 C精简 D阿塔

• 从问题驱动的交联计划开始，而不是一刀切的方案

• 每次运行都以相同的学科控制链接、温度和淬火窗口

• 标准化消化和纯化，以限制肽相似

• 在MS前使用靶向富集来提高交联肽产量

• 设置并记录与研究目标相关的分析阈值，然后坚持执行

该学科保留了 XL-MS 的获胜条件：高通量、细胞内适用性和无特殊标记。当结构调用很重要时，我们建议将交联质谱法与冷冻电镜或 X 射线晶体学等正交方法相结合。这种组合缩小了任何单一技术的解释风险，并有助于构建您的团队可以防御的模型。

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我们不要求你改变你的科学——只是为了锁定重要的变量。您可以获得带有时间戳的计划、试剂检查以及技术人员可以实际遵循的简短控制点列表。输出不仅是更干净的数据;您可以在下个季度使用新样品和相同的信心重复这个过程。

号召性： 想要更少的误报和更清晰的交互图？与 Longlight Technology 讨论适合您的样品和时间表的问题驱动型 XL-MS 计划。

（交联质谱法揭示了高密度脂蛋白之间的相互作用

和 SARS-CoV-2 刺突糖蛋白 – ScienceDirect）

3） 从样品到报告：您可以审核的端到端 XL-MS 服务

您可以运送预交联材料，或者我们将帮助设计交联策略，然后接收样品。从那里，我们的团队进行酶切、选择性富集、交联质谱检测和结构化数据分析。最终报告显示了具有明确方法的交互网络和交叉链接站点，因此您的团队可以重复、扩展或与其他研究整合。

什么 和或 R接收， STEP 由 STEP

规划→交联策略→消化→富集→检测→解释。每个步骤都包括检查点和注释。如果有什么东西漂移，我们可以看到在哪里以及为什么。这种可追溯性减少了歧义，并使您的发现速度保持稳定，而无需持续灭火。

我们的 XL-MS 产品位于更广泛的产品和服务生态系统中，旨在让您的实验室不断向前发展。我们通过先进的仪器、可靠的试剂和适合用途的耗材来支持现代基因组学和蛋白质组学。这种连续性很重要：供应商之间的交接越少，就越容易跨项目保持质量。

除了交联质谱之外，我们还支持许多团队并行运行的互补应用。对于蛋白质-染色质问题，我们支持 ChIP-seq，将染色质免疫沉淀与下一代测序相结合，以查明与特定转录因子或组蛋白结合的基因组位点。对于日常工作流程，我们提供耗材和试剂盒——预制琼脂糖凝胶、核酸清除剂、Qubit 试管、核酸提取试剂盒和文库制备试剂盒——因此您可以从样品摄入到数据交付保持一致的标准。

为什么 TEAMS Choose 长光科技

• 化学、工作流程设计和 XL-MS 分析的单一合作伙伴

• 清晰、可审计的方法，可从中试扩展到生产

• 支持基因组学和蛋白质组学的仪器、试剂和耗材

回报不是抽象的。更少的误报意味着更快的决策、更可信的数据以及更少的时间与您自己的数据争论。您的科学家可以专注于生物学，而不是分类。您的利益相关者看到的是进展，而不是警告。您的模型会以更少的编辑和更强的证据延续到下一个程序中。

号召性： 准备好收紧您的 XL-MS 管道并从源头减少噪音了吗？联系 Longlight Technology 安排简短的咨询。我们将概述交联肽富集工作流程，该工作流程可保护特异性、加快分析速度，并使您的交联质谱数据更易于信任 - 一次又一次地运行。